1661年（寛文元）中国明から来日した隠元隆琦（いんげんりゅうき）によって創建された、禅宗黄檗宗の大本山です。９万坪の敷地に「明朝様式」の建物と伽藍が配置され、毎日の勤行も当時の明語で行われています。隠元禅師は九州の僧侶たちから弟子の派遣を依頼され、隠元禅師自身が3年間という期限付きで来朝しました。僧侶や朝廷、幕府の帰依を受け、将軍にも謁見して寺地を授けられたため、帰国をあきらめて萬福寺を開創しました。建物は中国式で、仏像も中国人仏師の製作が多く、様々なところで中国風の仏像や羅漢像が参詣者を迎え、境内はエキゾチックな雰囲気に包まれています。禅師は煎茶やインゲン豆、普茶料理なども伝え、塔頭の宝蔵院には、弟子の鉄眼禅師が開版した明朝版一切経の版木が約６万枚伝わり、印刷が続けられているのも驚きです。